Francouzská nadvláda

Propuknutí války mezi Anglií a Francií se projevilo obnovením zájmu správců Mauricia o souostroví Îles de la Bourdonnais. Vstříc ostrovům byly vyslány 2 lodi, kterým velel Corneille Nicholas Morphey, s úkolem uchvátit je do francouzské moci. Morphey přejmenoval ostrov Mahé na Isle de Séchelles (později poangličtěno na Seychelles). Netrvalo dlouho a názvy se opět měnily – Isle de Séchelles se začalo používat jako pojem pro celé souostroví, jeho největšímu ostrovu se vrátilo původní jméno Mahé a tento stav přetrval až do dneška. Nicholas Morphey v roce 1756 ostrov zcela ovládl a dostal se i do čela francouzské Východoindické společnosti.

Na konci sedmileté války ztratila Francie Kanadu a současně byl velmi omezen její vliv na Indii, což znamenalo mimo jiné pokles autority francouzské Východoindické společnosti, která formálně kontrolovala Mauricius i Seychely. Ostrovy proto přešly pod přímou moc francouzského krále a jejich novým vrchním správcem se stal Pierre Poivre.

Poté, co v roce 1769 mořeplavci Rochon a Grenier dokazují, že plavba z Mauricia do Indie přes seychelské souostroví je rychlá a bezpečná, začíná význam Seychel v následujících desetiletích postupně stoupat.

Quincyho éra

V roce 1790 v období Velké francouzské revoluce se na koloniálním shromáždění obyvatelé souostroví rozhodli pro vytvoření seychelské samosprávy s vlastní ústavou. Podle ní měli veškerou půdu na ostrovech zdědit pouze potomci tehdejších osadníků, kteří mohli rozdělit svůj majetek a pozemky podle své vlastní vůle, nikoli dle rozkazů z Mauricia. Kvůli představě, že bez dostatku pracovních sil nemůže kolonie přežít, nebylo zakázáno otroctví.

Jean-Baptiste Queau de Quinssy (poangličtěno na Quincy) se ujal vedení kolonie v roce 1794. V období revoluce se tento mazaný muž postaral o rozkvět Seychel, které sloužily jako přístav pro francouzské korzárské lodě (které měly povolení k okrádání nepřátelských lodí na základě tzv. „lettres de marque”). Quincymu tento stav vyhovoval a doufal, že si jeho počínání nikdo nevšimne. Ovšem ještě v roce, kdy se J.-B. Quincy dostal k moci, se na Seychelách objevila britská flotila pod velením kapitána Henryho Newcomba. Díky pohotovosti ve vyjednávání získal Quincy hodinu náskoku na to, aby se zachránil. Zároveň mu bylo garantováno, že nebude pošpiněna jeho čest a odebrán majetek.

Britové nejevili snahu o převzetí Seychel, protože to považovali za mrhaní jejich zdroji. Seychelané se navíc rozhodli, že se Britům bránit nebudou, pokud jim francouzská správa nepošle z Mauricia vojenskou posádku. Seychelské ostrovy se tak staly zcela neutrální a jejich přístaviště bylo přístupné jak pro francouzské, tak pro britské lodě. Strategie neutrality fungovala dokonale a Seychely vzkvétaly.

Britská blokáda francouzských indickooceánských kolonií byla stále silnější a Réunion byl donucen se vzdát, následován Mauriciem v prosinci roku 1810. Duben následujícího roku přinesl vyřešení seychelské otázky – Quincyho podmínky kapitulace měly i nadále zůstat v platnosti, zároveň ale musely Seychely uznat kapitulační dohodu Mauricia.